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Restos hallados en su término denotan que debió tener un origen remoto. Toma su nombre de un río que corre al oeste de la localidad, que se llamó de las aguas gordas y que hoy se conoce por la Cueva. Más abajo recibe el nombre de Benamargosa, ya camino de la mar tras fundirse con el Vélez. La base del emplazamiento de Riogordo parece ser que estuvo en el castillo de Aute, que después sería fortaleza árabe y que algunos investigadores relacionan a la mítica fortaleza de Bobastro, donde vivió y se refugió Omar ben Hafsun, guerrero muladí que se enfrentó a los potentes Omeyas cordobeses. Durante la época musulmana, Riogordo fue uno de los territorios que más tiempo estuvo controlado por éstos.El emplazamiento actual data de la época de los Reyes Católicos y su origen estuvo en un campamento utilizado por los monarcas cristianos en la conquista de Vélez-Málaga. El primer alcaide del que se tienen noticias (año 1552) fue Francisco Hernández.
La invasión francesa dejó su impronta en Riogordo, donde también se formaron guerrillas para combatir al extranjero, como en los diferentes pueblos malagueños. Una de las más célebres fue la que encabezó el llamado cura de Riogordo. cuyo arrojo no conoció parangón ni fronteras.