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El nombre de Benamocarra es, en sí mismo, claro indicio de su origen. Significa hijos de Mukarran (Job al Mukarran), que con el paso del tiempo se fue castellanizando primero en Beni Mukarran y finalmente en el Benamocarra actual. Algunos historiadores afirman
que sus fundadores eran originarios de una tribu bereber del Atlas.
Aunque se rinde a los Reyes Católicos tras la toma de Vélez, Benamocarra no sufre el despoblamiento de otras alquerías, por lo que se hace necesario una real cédula un año después (2 de febrero de 1488) para que tanto el núcleo de Benamocarra como el cercano de Iznate sean despoblados en beneficio de los vecinos de Vélez-Benamocarra. Los mudéjares, sin documentos acreditativos, son despojados de sus tierras que explotan a partir de ese momento como arrendatarios.
En 1505 se constituye la parroquia cristiana de Benamocarra con su anejo lznate.
En 1568-69, cuando se produce la rebelión de los moriscos, Benamocarra contaba con 115 vecinos, 87 de los cuales eran de raza mora y los demás, cristianos viejos originarios.
Un acontecimiento histórico que relatan los vecinos con regocijo, es la burla de la que fueron objeto los soldados franceses cuando cercaron Benamocarra siguiendo a unos guerrilleros y al entrar hallaron al pueblo sin un alma.
En Benamocarra existió un privilegio denominado mitad de oficio que reconocía la diferencia de clases, llegando incluso a establecer padrones separados en los que en uno sentaban los nobles sus partidas de bautismo, y en otro, los que no lo eran. Este privilegio sólo tuvo efecto en Benamocarra y Granada, y fue otorgado por Felipe II.
La filoxera que padeció la comarca el siglo pasado afectó gravemente a las viñas del término, justamente cuando estaban en pleno apogeo.
Hoy el pueblo se recobra con las plantaciones tropicales como el mango, el kiwi, el aguacate, etc.