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Restos hallados en la Cueva de Nerja testimonian la presencia del hombre prehistórico en el término. Pero será en la época cuando se tengan noticias de la alquería de Naricha, Nai Narissa, que se traduce por manantial abundante, y se sitúa en los confinesde la Raya de Málaga.

 Ibn Sadi, geógrafo y árabe, señalaba que era una alquería tan grande como una ciudad (medina) rodeada de ricas huertas y bañada por el río Chillar. Un gran comercio de sedas, famosas hasta en el propio Damasco. 

Por otra parte, monedas romanas halladas en el término nos permiten aventurar que en Maro existió una factoría o una romana conocida por Detunda.
La población actual tiene su origen en la repoblación efectuada con cristianos viejos venidos de Castilla y León y surge en torno de la Torre de los Guardas (Balcón de Europa) tras la toma de Nerja por los Reyes Católicos en 1487.

 La población musulmana que continuó en Nerja se vio involucrada en la rebelión de los moriscos y, por lo tanto, en la defensa a ultranza que éstos hicieron en el peñón de Frigiliana hasta ser derrotados por el comendador mayor de Castilla, Luis de Requesens.

La presencia cristiana se va dejando sentir y ya en el siglo XVI se levanta la ermita de Ntra. Sra. de las Angustias, santuario dedicado a la Patrona de la villa. En 1660, siendo alcaide Antonio de Villavicencio, se construye la Torre de los Guardas, por orden real, y se termina la primera fase de la iglesia de El Salvador.
Mediado el siglo XIX, en que alcanza un censo de 8.000 vecinos, Nerja se independiza de Vélez-Málaga tras una serie de pleitos. El municipio despliega una gran actividad, floreciendo la agricultura y la industria: sedas, vinos, pasas, miel de caña, azúcar, bosques y encinas.
La invasión napoleónica tuvo un importante episodio en Nerja el 21 de julio de 1810. Los guardas del término municipal, encabezados por uno de ellos llamado El Zorrico, hicieron caer en una emboscada a dragones de un regimiento francés acampado en Almuñécar que marchaba hacia Málaga, en el lugar conocido como Pago de la Fuente del Badén. Las crónicas relatan que murieron todos así como sus cabalgaduras. La represalia no se hizo esperar y el resto del regimiento entró a sangre y fuego en la población dejando tras de sí 17 nerjeños muertos y centenares de heridos.

 En diciembre de 1884 Nerja sufrió graves daños a causa del terremoto que asoló la Axarquía. Se derrumbaron varias casas y en Maro murió sepultado el carabinero Berrocal que prestaba servicios de vigilancia en la costa. En enero del año siguiente, el rey Alfonso XII visitó la zona afectada.