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El origen de Moclinejo parece ser árabe. Según algunos historiadores su nombre es diminutivo de Moclin, que significa lugar de distrito. Otros lo denominan Moclinetum, como Nebrija en Décadas Duas, o Modinete y Molinete.
El actual término municipal fue escenario de un hecho histórico de trascendencia en la historia de la conquista. En 1483 las huestes de Mulay Hacen, destronado rey de Granada, se refugiaron en su castillo tras provocar con sus correrías y pillajes la ira de los cristianos. Estos, al mando del adelantado de Andalucía, don Pedro Enríquez, trataron de darles un escarmiento que se transformó en un castigo. Desde lo alto, los moros arremetieron contra las fuerzas cristianas a las que diezmaron, no faltando quien se entre gara sin resistencia, o se dejara degollar como último alivio a la vergüenza de la derrota. Desde entonces, el escenario de esta tragedia se le conoce por Hoya de los muertos y Cuesta de la Matanza, esta última en una loma situada sobre el alto arroyo Jaboneros El triunfo dio un gran prestigio a Mulay Hacen. Las poblaciones muslimes que encarnaban en él el triunfo mostraron sus simpatías por el ex rey de Granada y se unieron a su causa.
Integrado ya en el reinado de los Reyes Católicos, Moclinejo conoce cierto auge merced a la explotación de su viñedos, pero éstos quedaron destruidos con la plaga de la filoxera que sufrieron las vides malagueñas en 1878, cuyo primer brote se produjo en el término municipal de Moclinejo, en el lagar de la Indiana.