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Restos hallados nos remontan a la prehistoria como testimonia el monumento megalitico de cultura argárica y la necropolis paleopunica del Cerrillo de las Sombras.
Otros vestigios nos situan en épocas más próximas: romana y árabe. De estos últimos, son los árabes los más importantes destacando el castillo cuyas ruinas dominan el pueblo. Es anterior al siglo XI.
El nombre parece proceder dcl latín Frexinius quizás algún oscuro personaje al que se le agrego el vocablo ana, que significa tuicar formándose así el nombre de Frigiliana
En Frigiliana se reunieron los levantiscos para hacerse fuertes en el peñón del mismo nombre, que se describe en las crónicas de la época como lugar con unas entradas tan fragosas de riscos y peñas tajadas que con poca gente puesta arriba se puede defender ante cualquier número de ejército. Fueron cercados por las tropas cristianas mandadas por Arévalo de Suazo, corregidor de Málaga y Vélez, a las que se habían unido doce compañías de infantería desembarcadas en las playas de Vélez que regresaban de Italia al mando del comendador mayor de Castilla, Luis de Requesens. Los primeros asaltos fueron nefastos. Los castellanos tuvieron numerosas bajas. Finalmente lograron llegar a la cima.
De los cuatro mil moriscos que allí había murieron más de dos mil. Algunas moras, que habían peleado como esforzados varones, al verse perdidas se despeñaban con sus hijos prefiriendo morir hechas pedazos antes de caer en manos cristianas. Algunos de los moriscos lograron huir hacia las Alpujarras. La mayoría iban malheridos y murieron por el camino.
El buen suceso de Frigiliana sosegó la tierra de Málaga y la de Ronda por entonces, relata Hurtado de Mendoza. Los moriscos fueron expulsados definitivamente de España por Felipe III en 1609 y sus bienes repartidos entre los vencedores.
La agricultura continúa siendo su principal fuente de economía, hoy reforzada con el cultivo de frutos subtropicales. En sus tierras abundan los viñedos y los olivares. Es famoso su vino. También existe una fábrica de miel de caña.