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El origen de su nombre se encuentra en el vocablo árabe Qumaris o Hins Comarix, que significa castillo en la altura.
Comares es un pueblo pintoresco, que desde la antigüedad ha fascinado a propios y extraños, debido en gran parte al enriscado paraje donde se asienta. 
Comares, en efecto, ya estaba ahí cuando los árabes invadieron la Península. Así lo afirma una investigación efectuada por José Hermoso Ruiz, hijo de Comares y al que cita Téllez Laguna, quien destaca que fundáronla griegos focenses 332 años antes de la Redención con el nombre que tiene, interpretado lugar de muchos madroños. Poseída de los moros, la conquistaron los Reyes Católicos, como toda su comarca, año 1487, y la dieron con título de marquesado a D. Diego Fernández de Córdoba, señor de Espejo y Lucena, alcaide de los Donceles. hoy anda en la Casa de Cardona. Los focenses arribaron a las playas del litoral malagueño en el siglo VII a. de C.
Algunos investigadores especulan sobre posibles asentamientos iberos y romanos, teoría que parece avalar el hallazgo de monedas de esa época. Sí parece estar claro que cuando los árabes llegaron a nuestras costas ya existía en Comares la fortaleza, construida en función de su valor estratégico. Debió, pues, ser asentamiento musulmán desde el siglo VIII. La Torre de Comares de la Alhambra se llama así, porque trabajaron en ella alarifes moros naturales de Comares.
Se sabe también que fue uno de los baluartes defensivos de Omar ben Hafsun, en su lucha contra los omeyas cordobeses, por considerarlo como uno de los puntos estratégicos de la Rayya (Archidona), entonces capital de la taha de Málaga. Al ser vencido Omar ben Hafsun por Abd al Rahman III, éste se apresuró a ocupar los castillos de Comares y Santo Pitar.
El día 29 de abril de 1487 Comares se rendía a las tropas cristianas, siendo nombrado alcalde Pedro de Cuéllar, que sucedió al último alcaide moro, llamado Mahomad el Jabis. Las crónicas relatan que en el castillo de Comares cabían unas 15.000 almas, y que fue conocido como una fortaleza cuadrada, sostén y residencia de la familia Axquilula, quienes unidos a sus familiares de Málaga y Guadix tuvieron en jaque durante mucho tiempo al poderío de los nazaritas.
Los vecinos de Comares recibieron determinados privilegios que propició la convivencia pacífica con los nuevos pobladores cristianos, rota al sentirse los primeros cada vez más oprimidos y despojados de sus pertenencias, haciendo intervenir al entonces alcaide de Comares, Francisco de Coalla.
Por real cédula de 20 de diciembre de 1512, la reina doña Juana autorizó a don Diego Fernández de Córdoba, alcaide de los Donceles, el trueque de la villa y fortaleza de Sedella por la de Comares, naciendo así el marquesado del mismo nombre.
Durante la invasión napoleónica, Comares, como otros pueblos de la Axarquía, luchó tenazmente contra los franceses, quienes pese a intentarlo volvieron a Málaga sin haber podido apoderarse de rehenes. Comares y sus cercanías fueron escenario de las hazañas del valiente capitan antequerano Vicente Moreno Romero y su guerrilla, que trajo en jaque, como el cura de Riogordo, a las tropas galas.