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Algunos investigadores fechan en el siglo XIII las primeras noticias que se tienen del núcleo de población de Canillas de Albaida. Su nombre avala lo anterior, puesto que Albaida, en árabe, significa blanca. No hay duda de su procedencia islámica.
En los archivos de Al-hawz o término de Vélez, constaba Canillas de Albaida como alquería perteneciente al mismo. En 1487, tras la conquista de Vélez-Málaga por los Reyes Católicos, Canillas se suma a los requerimientos de obediencia impuestos por el rey Fernando el Católico.
En el año 1569 sigue el mismo derrotero que los restantes núcleos de la Axarquía y sus vecinos, en la mayoría moriscos, se unen a los de Cómpeta y demás pueblos de la comarca rebelándose contra la opresión de Felipe II, hasta que sus hombres fueron derrotados en la batalla del Peñón de Frigiliana.
Tras la repoblación, en la que predominan los cristianos procedentes de puntos cercanos de la provincia así como del resto de Andalucía, Canillas se desarrolla entregados sus vecinos a la agricultura, destacando en el cultivo de los viñedos, los cereales y el olivar.
En la actualidad, la economía eminentemente agrícola de Canillas de Albaida se ve reforzada con la existencia de una cooperativa textil en la que trabajan la mayoría de las mujeres del pueblo.