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La historia de Alfarnatejo parece remontarse a tiempos prehistoricos. En el desfiladero del río Sabar han sido descubiertos varios yacimientos neolíticos. Y al sur, en el Tajo Gomer (1.129 m), se han hallado objetos de uso doméstico a los que los arqueólogos atribuyen más de 5.000 años de antigüedad.

Alfarnatejo estuvo ligado siempre a Alfarnate, de la que se separó en el XVIII. Debió ser una alquería en tiempos de la dominación musulmana que nació al calor del castillo de Sabar, cuyas ruinas aún se conservan en la cima del Alto del Fraile.

 También se cuenta que la topografía lo hizo hogar de bandoleros que aquí se refugiaban dada la dificultad del terreno, que para ellos significaba seguridad, una vez cometidas sus fechorías.