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El asalto a la venta de Alcaucín, propiedad de Pedro Mellado, el 24 de abril de 1569, parece ser el dato más sobresaliente de su historia. Fue su principal protagonista Andrés el Xorairán, morisco nacido en Sedella, que arremetió contra la venta ondeando una bandera de tafetán colorado ya deslucida por haber estado guardada durante muchos años en poder de un vecino del lugar. La bandera en cuestión estabada adornada con lunas verdes en su interior. Esta acción incitó a los vecinos a la rebelión.

El asalto se produjo después de que un moro llamado Almueden llegase desde la Alpujarra a tratar de rescatar a su mujer, cautiva de un cristiano de Canillas de Aceituno que, según todos los indicios, pudo ser Pedro Mellado. Las represalias cristianas no se hicieron esperar produciéndose torturas y muerte de un buen número de moriscos.

Pero la historia de Alcaucín tiene otros antecedentes. Han sido halladas pruebas de que el hombre prehistórico habitó su término. En agosto de 1983 fue encontrada en una cueva cercana al Boquete de Zafarraya la mandíbula de un hombre de Neanderthal, además de un fémur y otros restos que pertenecieron a un varón de unos 40 años y de 1,61 m de altura al que los arqueólogos bautizaron como el hombre de Zafarraya. (La denominada Cultura de Neanderthal comprende un periodo que abarca desde 100.000 a 35.000 años a. d. C.). La cueva se ubica a unos 1.100 m. de altitud en la falda de sierra Tejeda.

Por otra parte, también se cree que la fortaleza de Zalia, del término de Alcaucín, fue construida por los fenicios para apoyar su penetración en el territorio. Los musulmanes ocuparon la fortaleza, reconstruyéndola y permaneciendo en ella hasta la conquista de Vélez en 1487.